Bioinformatics with Python Cookbook - Deuxième édition : Apprenez à utiliser les bibliothèques et les applications modernes de bio-informatique en Python pour faire de la recherche de pointe.

Avis des lecteurs

Résumé:

Ce livre fournit des instructions détaillées sur les projets bioinformatiques utilisant Python, à l'intention des lecteurs ayant des connaissances préalables. Cependant, il ne convient pas aux débutants en raison des connaissances présumées et des problèmes de code obsolète.

Avantages:

Instructions perspicaces et détaillées sur des projets avancés de bio-informatique. Convient aux lecteurs ayant des connaissances en bio-informatique et en Python. Couvre les applications de pointe en Biopython.

Inconvénients:

Suppose des connaissances préalables en Python et en bio-informatique, ce qui le rend inadapté aux débutants. Le code est obsolète et certaines bibliothèques utilisées ne sont plus accessibles. Problèmes liés à l'état du livre à la livraison.

(basé sur 4 avis de lecteurs)

Titre original :

Bioinformatics with Python Cookbook - Second Edition: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge rese

Contenu du livre :

Découvrez les bibliothèques de séquençage modernes de nouvelle génération de l'écosystème Python pour analyser de grandes quantités de données biologiques.

Caractéristiques principales

⬤ Effectuez des analyses bioinformatiques complexes à l'aide des bibliothèques et applications Python les plus importantes.

⬤ Les bibliothèques de séquençage de nouvelle génération, la métagénomique, l'automatisation de l'analyse, la génétique des populations et bien plus encore.

⬤ Les techniques statistiques et d'apprentissage automatique pour l'analyse des données bioinformatiques.

Description du livre

La bioinformatique est un domaine de recherche actif qui utilise une gamme de calculs simples à avancés pour extraire des informations précieuses des données biologiques.

Ce livre couvre le séquençage de nouvelle génération, la génomique, la métagénomique, la génétique des populations, la phylogénétique et la protéomique. Vous apprendrez les techniques de programmation modernes pour analyser de grandes quantités de données biologiques. À l'aide d'exemples concrets, vous convertirez, analyserez et visualiserez des ensembles de données à l'aide de divers outils et bibliothèques Python.

Ce livre vous aidera à mieux comprendre comment travailler avec un serveur Galaxy, qui est le système de pipeline bioinformatique basé sur le web le plus largement utilisé. Cette édition mise à jour comprend également des techniques avancées de filtrage du séquençage de nouvelle génération. Vous explorerez également des sujets tels que la découverte de SNP à l'aide d'approches statistiques dans des cadres de calcul à haute performance tels que Dask et Spark.

À la fin de ce livre, vous serez en mesure d'utiliser et de mettre en œuvre des techniques et des cadres de programmation modernes pour faire face au déluge toujours croissant de données bioinformatiques.

Ce que vous apprendrez

⬤ Apprendre à traiter de grands ensembles de données de séquençage de la prochaine génération (NGS).

⬤ Travailler avec des ensembles de données génomiques en utilisant les formats FASTQ, BAM et VCF.

⬤ Apprendre à effectuer des comparaisons de séquences et des reconstructions phylogénétiques.

⬤ Effectuer des analyses complexes avec des données protéiques.

⬤ Utiliser Python pour interagir avec les serveurs Galaxy.

⬤ Utiliser les techniques de calcul haute performance avec Dask et Spark.

⬤ Visualiser les interactions des ensembles de données protéiques en utilisant Cytoscape.

⬤ Utiliser l'ACP et les arbres de décision, deux techniques d'apprentissage automatique, avec des ensembles de données biologiques.

Autres informations sur le livre :

• ISBN : 9781789344691
• Auteur : Tiago Antao
• Éditeur : Packt Pub
• Reliure : Broché