Avis des lecteurs
Résumé:Le livre a reçu des critiques mitigées, notamment en ce qui concerne son aspect pratique et sa fonctionnalité. Certains utilisateurs le trouvent instructif, tandis que d'autres considèrent qu'il est mal exécuté, en particulier pour les débutants.
Avantages:Certains critiques ont trouvé le livre instructif et utile pour comprendre certains concepts.
Inconvénients:De nombreux utilisateurs ont trouvé que le livre manquait d'applications pratiques et ont noté que le code fourni dans le livre ne fonctionnait souvent pas. Il a été fait mention de bibliothèques R obsolètes, d'erreurs dans le code et d'une difficulté générale à utiliser le livre pour la bioinformatique pratique.
(basé sur 3 avis de lecteurs)
Titre original :
R Bioinformatics Cookbook
Contenu du livre :
Plus de 60 recettes pour modéliser et traiter des données biologiques réelles en utilisant des bibliothèques modernes de l'écosystème R.
Caractéristiques principales :
⬤ Appliquer des packages R modernes pour traiter des données biologiques à l'aide d'exemples concrets.
⬤ Représenter les données biologiques avec des visualisations avancées adaptées à la recherche et aux publications.
⬤ Les problèmes concrets de la bio-informatique tels que le séquençage de la prochaine génération, la métagénomique et l'automatisation des analyses.
Description du livre :
Le traitement efficace des données biologiques nécessite une connaissance approfondie des techniques d'apprentissage automatique et des compétences informatiques, ainsi qu'une compréhension de l'utilisation d'outils tels que edgeR et DESeq. Avec R Bioinformatics Cookbook, vous explorerez tout cela et bien plus encore, en abordant des défis courants et moins courants dans le domaine de la bioinformatique à l'aide d'exemples du monde réel.
Ce livre utilise une approche basée sur des recettes pour vous montrer comment effectuer des recherches et des analyses pratiques en biologie computationnelle avec R. Vous apprendrez à analyser efficacement vos données avec les derniers outils de Bioconductor, ggplot et tidyverse. Le livre vous guidera à travers les outils essentiels de Bioconductor pour vous aider à comprendre et à réaliser des protocoles en ARNseq, phylogénétique, génomique et analyse de séquences. Au fur et à mesure de votre progression, vous vous familiariserez avec la façon dont les techniques d'apprentissage automatique peuvent être utilisées dans le domaine de la bioinformatique. Vous développerez progressivement des compétences informatiques clés telles que la création de flux de travail réutilisables en R Markdown et de paquets pour la réutilisation du code.
À la fin de ce livre, vous aurez acquis une solide compréhension des techniques les plus importantes et les plus largement utilisées dans l'analyse bioinformatique et des outils dont vous avez besoin pour travailler avec des données biologiques réelles.
Ce que vous apprendrez :
⬤ Employer Bioconductor pour déterminer les expressions différentielles dans les données RNAseq.
⬤ Exécuter SAMtools et développer des pipelines pour trouver des polymorphismes de nucléotides simples (SNP) et des Indels.
⬤ Utiliser ggplot pour créer et annoter une gamme de visualisations.
⬤ Interroger des bases de données externes avec Ensembl pour trouver des informations de génomique fonctionnelle.
⬤ Exécutez des alignements de séquences multiples à grande échelle avec DECIPHER pour effectuer de la génomique comparative.
⬤ Utilisez d3.js et Plotly pour créer des graphiques web dynamiques et interactifs.
⬤ Les logiciels d'alignement de séquences multiples à grande échelle avec DECIPHER permettent de faire de la génomique comparative.
A qui s'adresse ce livre :
Ce livre s'adresse aux bioinformaticiens, aux analystes de données, aux chercheurs et aux développeurs R qui souhaitent résoudre des problèmes biologiques et bioinformatiques de niveau intermédiaire à avancé en apprenant par le biais d'une approche basée sur des recettes. Une connaissance pratique du langage de programmation R et des connaissances de base en bioinformatique sont des prérequis.
Autres informations sur le livre :
| ISBN : | 9781789950694 |
| Auteur : | |
| Éditeur : | |
| Reliure : | Broché |
| Année de publication : | 2019 |
| Nombre de pages : | 316 |
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