Avis des lecteurs
Résumé:Le « R Bioinformatics Cookbook » est une ressource pratique et complète qui offre aux lecteurs des conseils pratiques à travers plus de 80 recettes pour analyser les données biologiques avec R. Le livre couvre un large éventail de sujets, de la configuration de l'environnement R aux techniques avancées d'apprentissage automatique. Bien qu'il soit bien adapté aux utilisateurs intermédiaires et avancés, les débutants peuvent le trouver difficile en raison des connaissances préalables supposées.
Avantages:⬤ Des recettes pratiques pour relever les défis de la bioinformatique dans le monde réel.
⬤ Couvre une gamme variée de sujets, y compris l'ARN-seq, l'analyse ChIP-seq et l'apprentissage automatique avec mlr
⬤ Inclut des outils et des cadres utiles comme Bioconductor et ggplot2 pour la visualisation des données.
⬤ Offre un équilibre entre les concepts fondamentaux et les techniques de pointe.
⬤ Une structure claire favorise la compréhension et l'extensibilité du code R.
⬤ Suppose une certaine connaissance préalable de R, ce qui peut être un défi pour les débutants complets.
⬤ Certains lecteurs suggèrent que des sujets supplémentaires tels que le cloud computing, l'apprentissage profond et l'analyse unicellulaire pourraient enrichir le livre.
⬤ La densité de l'information peut submerger ceux qui n'ont pas une connaissance suffisante du sujet.
(basé sur 3 avis de lecteurs)
Titre original :
R Bioinformatics Cookbook - Second Edition: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning
Contenu du livre :
Découvrez plus de 80 recettes pour modéliser et manipuler des données biologiques réelles en utilisant des bibliothèques modernes de l'écosystème R.
Caractéristiques principales :
⬤ Appliquer des packages R modernes pour traiter des données biologiques à l'aide d'exemples concrets.
⬤ Les données biologiques sont représentées à l'aide de visualisations avancées et de flux de travail adaptés à la recherche et aux publications.
⬤ Résoudre des problèmes bioinformatiques réels tels que la transcriptomique, la génomique et la phylogénétique.
⬤ L'achat de la version imprimée ou du livre Kindle inclut un livre électronique PDF gratuit.
Description du livre :
La deuxième édition mise à jour de R Bioinformatics Cookbook adopte une approche basée sur des recettes pour vous montrer comment mener des recherches et des analyses pratiques en biologie computationnelle avec R. Vous apprendrez à créer un environnement de travail R utile et modulaire, ainsi qu'à charger, nettoyer et analyser des données à l'aide des outils Bioconductor, ggplot2 et tidyverse les plus récents.
Ce livre vous guidera à travers les outils Bioconductor nécessaires pour comprendre et réaliser des protocoles en RNA-seq et ChIP-seq, phylogénétique, génomique, recherche de gènes, annotation de gènes, analyse statistique et analyse de séquences. Au fur et à mesure de votre progression, vous découvrirez comment utiliser Quarto pour créer des rapports, des présentations et des sites Web riches en données, et vous comprendrez clairement comment les techniques d'apprentissage automatique peuvent être appliquées dans le domaine de la bio-informatique. Les derniers chapitres vous aideront à développer des compétences clés, telles que l'analyse de l'annotation des gènes et la programmation fonctionnelle dans purrr et base R. Enfin, vous découvrirez comment utiliser les derniers outils d'intelligence artificielle, y compris ChatGPT, pour générer, éditer et comprendre le code R et rédiger des flux de travail pour des analyses complexes.
À la fin de ce livre, vous aurez acquis une solide compréhension des compétences et des techniques nécessaires pour devenir un spécialiste de la bioinformatique et travailler efficacement avec des ensembles de données bioinformatiques complexes et de grande taille.
Ce que vous apprendrez
⬤ Mettre en place un environnement de travail pour l'analyse bioinformatique avec R.
⬤ Importer, nettoyer et organiser les données bioinformatiques en utilisant tidyr.
⬤ Créer des graphiques, des rapports et des présentations de qualité professionnelle en utilisant ggplot2 et Quarto.
⬤ Analyser l'ARN-seq, le ChIP-seq, la génomique et la génétique de nouvelle génération avec Bioconductor.
⬤ Rechercher des gènes et des protéines en effectuant la phylogénétique et l'annotation des gènes.
⬤ Appliquer les techniques de ML aux données bioinformatiques à l'aide de mlr3.
⬤ Rationaliser le travail programmatique en utilisant des itérateurs et des outils fonctionnels dans les paquets de base R et purrr.
⬤ Utiliser ChatGPT pour créer, annoter et déboguer le code et les flux de travail.
A qui s'adresse ce livre :
Ce livre s'adresse aux bioinformaticiens, aux analystes de données, aux chercheurs et aux développeurs R qui souhaitent s'attaquer à des problèmes biologiques et bioinformatiques de niveau intermédiaire à avancé en apprenant par le biais d'une approche basée sur des recettes. Une connaissance pratique du langage de programmation R et des connaissances de base en bioinformatique sont des prérequis.
Autres informations sur le livre :
| ISBN : | 9781837634279 |
| Auteur : | |
| Éditeur : | |
| Langue : | anglais |
| Reliure : | Broché |
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