Statistiques et analyse de données pour les biopuces à l'aide de R et Bioconductor

Avis des lecteurs

Résumé:

Ce livre est un guide complet sur l'analyse des puces à ADN, la programmation R et les techniques statistiques applicables à la génomique. Il est bien écrit, avec des explications claires et un style d'enseignement attrayant, rendant les sujets complexes accessibles aux lecteurs de divers horizons. Bien qu'il constitue une excellente ressource pour les débutants et les praticiens expérimentés, certaines critiques indiquent un manque de profondeur dans certains domaines, en particulier en ce qui concerne Bioconductor et l'analyse de l'ARN-seq.

Avantages:

Le livre est complet, riche en contenu et très lisible. Il constitue une excellente référence pour les débutants comme pour les lecteurs expérimentés, couvrant des sujets essentiels en biologie, en statistiques et en programmation R. L'auteur est réputé pour ses qualités pédagogiques et son humour, ainsi que pour ses illustrations en couleur qui facilitent la compréhension de concepts complexes. De nombreux lecteurs apprécient les explications détaillées et les idées pratiques de l'auteur, ce qui en fait une ressource inestimable pour la bio-informatique.

Inconvénients:

Certains lecteurs ont trouvé le livre parfois difficile à suivre, notamment en raison de la longueur des chapitres sur les statistiques de base et la programmation R. Certains ont critiqué le manque d'informations sur Bioconductor et l'analyse des données de microréseaux, ce qui a conduit certains à penser qu'une connaissance de base était nécessaire. En outre, plusieurs critiques ont mentionné la redondance des explications sur les statistiques de base et un manque perçu de profondeur dans l'analyse de l'ARN-seq.

(basé sur 18 avis de lecteurs)

Titre original :

Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor

Contenu du livre :

Richement illustré en couleur, Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor, Second Edition fournit une description claire et rigoureuse de techniques d'analyse et d'algorithmes puissants pour l'exploration et l'interprétation de l'information biologique. Omettant les détails fastidieux, les formalismes lourds et les notations cryptiques, le texte adopte une approche pratique, basée sur des exemples, qui enseigne aux étudiants les bases de R et de la technologie des biopuces, ainsi que la manière de choisir et d'appliquer l'outil d'analyse de données approprié à des problèmes spécifiques.

Nouveautés de la deuxième édition.

Entièrement mise à jour et deux fois plus grande que son prédécesseur, cette deuxième édition remplace le logiciel commercial par les environnements libres R et Bioconductor. Quatorze nouveaux chapitres couvrent des sujets tels que les mécanismes de base de la cellule, les questions de fiabilité et de reproductibilité des puces à ADN, les statistiques de base et les modèles linéaires en R, la conception des expériences, les comparaisons multiples, le contrôle de la qualité, le prétraitement et la normalisation des données, l'analyse de la Gene Ontology, l'analyse des voies et les techniques d'apprentissage automatique. Les méthodes sont illustrées par des exemples de jouets et des données réelles, et le code R de toutes les routines est disponible sur un CD-ROM d'accompagnement.

Avec tous les prérequis nécessaires inclus, ce livre à succès guide les étudiants depuis les notions de base jusqu'aux techniques d'analyse avancées dans R et Bioconductor. La première moitié du texte présente une vue d'ensemble des microréseaux et des éléments statistiques qui constituent les éléments de base de toute analyse de données. La seconde moitié introduit les techniques les plus couramment utilisées dans l'analyse des données de microréseaux.

Autres informations sur le livre :

• ISBN : 9781439809754
• Auteur : Sorin Draghici
• Éditeur : Chapman & Hall
• Langue : anglais
• Reliure : Relié
• Année de publication : 2011
• Nombre de pages : 1036