Avis des lecteurs
Résumé:Ce livre est une ressource complète pour l'apprentissage de la bio-informatique, offrant des exemples pratiques, une explication approfondie des concepts, et mettant l'accent sur les compétences de développement de logiciels nécessaires aux bio-informaticiens. Cependant, certains codes fournis dans le livre peuvent être cassés, ce qui peut entraver les progrès sans aide supplémentaire.
Avantages:⬤ Excellent pour l'apprentissage de la bioinformatique avec des exemples pratiques tirés de défis réels.
⬤ Explications détaillées du raisonnement derrière les solutions.
⬤ Discussion précieuse sur l'assemblage des programmes et l'utilisation efficace des données.
⬤ Comprend du contenu sur les tests et la documentation en programmation.
⬤ Convient aux personnes ayant une certaine expérience de la programmation.
⬤ Certains exemples de code sont cassés, ce qui peut nécessiter une aide extérieure pour les corriger.
⬤ Peut ne pas convenir à des débutants complets en biologie ou en programmation sans connaissances préalables.
(basé sur 3 avis de lecteurs)
Titre original :
Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing
Contenu du livre :
Les scientifiques du vivant ont aujourd'hui un besoin urgent de formation en bioinformatique. Trop de programmes bioinformatiques sont mal écrits et à peine maintenus, généralement par des étudiants et des chercheurs qui n'ont jamais appris les compétences de base en programmation. Ce guide pratique montre aux professionnels de la bio-informatique et aux étudiants en post-doc comment exploiter les meilleurs aspects de Python pour résoudre des problèmes en biologie tout en créant des logiciels documentés, testés et reproductibles.
Ken Youens-Clark, auteur de Tiny Python Projects (Manning), montre non seulement comment écrire un code Python efficace, mais aussi comment utiliser les tests pour écrire et remanier des programmes scientifiques. Vous apprendrez les dernières fonctionnalités et outils de Python, y compris les linters, les formateurs, les vérificateurs de type et les tests, afin de créer des programmes documentés et testés. Vous relèverez également 14 défis dans Rosalind, une plateforme de résolution de problèmes pour l'apprentissage de la bioinformatique et de la programmation.
⬤ Créer des programmes Python en ligne de commande pour documenter et valider les paramètres.
⬤ Écrire des tests pour vérifier les programmes de refactorisation et confirmer qu'ils sont corrects.
⬤ Aborder des idées bioinformatiques en utilisant des structures de données Python et des modules tels que Biopython.
⬤ Créer des raccourcis et des flux de travail reproductibles à l'aide de makefiles.
⬤ Analyser les formats de fichiers bioinformatiques essentiels tels que FASTA et FASTQ.
⬤ Trouver des modèles de texte à l'aide d'expressions régulières.
⬤ Utiliser des fonctions d'ordre supérieur en Python comme filter(), map() et reduce().
Autres informations sur le livre :
| ISBN : | 9781098100889 |
| Auteur : | |
| Éditeur : | |
| Reliure : | Broché |
| Année de publication : | 2021 |
| Nombre de pages : | 350 |
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