La génomique dans le nuage : Utilisation de Docker, Gatk et Wdl dans Terra

Avis des lecteurs

Résumé:

Le livre fournit une introduction complète et accessible à la génomique computationnelle, avec des exercices pratiques et une approche étape par étape. Bien qu'il soit bien accueilli pour son contenu et son style d'enseignement, il y a des plaintes concernant la qualité des graphiques et l'accent mis sur la génomique humaine, certains lecteurs espérant des mises à jour en raison de l'évolution rapide de la technologie.

Avantages:

⬤ Introduction concise au calcul et à la génomique
⬤ instructions étape par étape pour les exercices pratiques
⬤ style d'écriture humoristique et engageant
⬤ référence complète des meilleures pratiques
⬤ utile pour les utilisateurs de GATK
⬤ accessible pour les débutants et les chercheurs expérimentés
⬤ bien structuré pour l'apprentissage en groupe.

Inconvénients:

⬤ Qualité médiocre des figures et des graphiques
⬤ certains contenus peuvent devenir obsolètes avec les nouvelles technologies
⬤ intérêt limité pour la génomique non humaine
⬤ problèmes de qualité d'impression des copies physiques.

(basé sur 8 avis de lecteurs)

Titre original :

Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra

Contenu du livre :

Les données dans le domaine de la génomique sont en plein essor. Dans quelques années seulement, des organismes tels que les National Institutes of Health (NIH) hébergeront plus de 50 pétaoctets, soit plus de 50 millions de gigaoctets, de données génomiques, et ils se tournent vers l'infrastructure en nuage pour mettre ces données à la disposition de la communauté des chercheurs.

Comment adapter les outils et les protocoles d'analyse pour accéder à un tel volume de données et les analyser dans le nuage ? Grâce à ce livre pratique, les chercheurs apprendront à travailler avec des algorithmes génomiques en utilisant des outils open source tels que Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL et Terra. Geraldine Van der Auwera, gardienne de longue date de la communauté des utilisateurs de GATK, et Brian O'Connor, de l'Institut de génomique de l'UC Santa Cruz, vous guident tout au long du processus.

Vous apprendrez en travaillant avec des données réelles et des algorithmes de génomique issus du terrain. Ce livre couvre les points suivants Génomique essentielle et contexte de la technologie informatique Opérations de base de l'informatique en nuage Démarrage avec GATK, plus trois pipelines majeurs de GATK Best Practices Automatisation de l'analyse avec des flux de travail scriptés à l'aide de WDL et de Cromwell Augmentation de l'exécution des flux de travail dans l'informatique en nuage, y compris la parallélisation et l'optimisation des coûts Analyse interactive dans l'informatique en nuage à l'aide des carnets Jupyter Collaboration sécurisée et reproductibilité du calcul à l'aide de Terra

Autres informations sur le livre :

• ISBN : 9781491975190
• Auteur : Auwera Geraldine A. Van Der
• Éditeur : Oreilly Media
• Reliure : Broché
• Année de publication : 2020
• Nombre de pages : 475