Compétences en données bioinformatiques : Recherche reproductible et robuste avec des outils open source

Avis des lecteurs

Résumé:

Ce livre est très apprécié dans le domaine de la bioinformatique pour sa couverture complète des compétences et des outils essentiels nécessaires à l'analyse des données, en particulier pour le séquençage de la prochaine génération (NGS). Il constitue une ressource utile pour les personnes ayant des connaissances préalables en programmation et en bioinformatique. Cependant, il peut ne pas convenir à des débutants complets.

Avantages:

Large couverture des compétences essentielles en bioinformatique, bien structuré et lisible, conseils pratiques pour une recherche reproductible, approche d'apprentissage étape par étape, excellente ressource pour les apprenants intermédiaires et les professionnels travaillant avec des données NGS, explications claires et bonnes pratiques mises en avant, utile pour ceux qui sont familiers avec la programmation.

Inconvénients:

⬤ Le contenu peut sembler décousu et manque d'un format de cuisine primaire, étape par étape
⬤ ne convient pas aux vrais débutants sans connaissances préalables de Linux/Python/R
⬤ certaines sections peuvent être denses et moins engageantes
⬤ l'auteur peut être un peu longuet.

(basé sur 38 avis de lecteurs)

Titre original :

Bioinformatics Data Skills: Reproducible and Robust Research with Open Source Tools

Contenu du livre :

Apprenez les compétences nécessaires pour transformer de grands ensembles de données de séquençage en résultats biologiques reproductibles et robustes. Grâce à ce guide pratique, vous apprendrez à utiliser des outils open source disponibles gratuitement pour extraire le sens de grands ensembles de données biologiques complexes.

À aucun autre moment de l'histoire de l'humanité, notre capacité à comprendre les complexités de la vie n'a autant dépendu de nos compétences en matière de traitement et d'analyse des données. Ce livre de niveau intermédiaire enseigne les compétences générales en matière de calcul et de données dont vous avez besoin pour analyser les données biologiques.

Si vous avez de l'expérience avec un langage de script comme Python, vous êtes prêt à commencer. Passez du traitement de petits problèmes avec des scripts désordonnés au traitement de grands problèmes avec des méthodes et des outils intelligents Traitez les données bioinformatiques avec de puissants pipelines et outils de données Unix Apprenez à utiliser des techniques d'analyse de données exploratoires dans le langage R Utilisez des méthodes efficaces pour travailler avec des données de plage génomique et des opérations de plage Travaillez avec des formats de fichiers de données génomiques courants tels que FASTA, FASTQ, SAM et BAM Gérez votre projet bioinformatique avec le système de contrôle de version Git Abordez les tâches fastidieuses de traitement de données avec des scripts Bash et des Makefiles.

Autres informations sur le livre :

• ISBN : 9781449367374
• Auteur : Vince Buffalo
• Éditeur : Oreilly Media
• Reliure : Broché
• Année de publication : 2015
• Nombre de pages : 300