Les survivants de Shibuya sont encouragés par le plan de Yodoyabashi de libérer un agent pathogène qui infectera et détruira les masses de poissons rouges de la ville...
Aki Touji, une lycéenne, rencontre le "poisson noir tacheté" et doit s'enfuir pour sauver sa vie lorsqu'elle tombe sur un groupe de sans-abri dans les rues de Shibuya...
Hajime et les autres se lancent dans un plan de vie ou de mort afin de vaincre les poissons rouges mutants interdits connus sous le nom de Limbes. Mais un destin cruel...